Доступность молибдена, в отличие от других микроэлементов, зависит от pH почвы по-особому: в кислых почвах он практически недоступен, а в щелочных становится хорошо растворимым и может мобилизоваться. Необходимые дозы очень малы, поэтому при применении важны точность и умеренность.
Молибден участвует в ферментативных механизмах, связанных прежде всего с усвоением азота (нитрогеназа и нитратредуктаза). Поэтому он является одним из ключевых элементов, обеспечивающих превращение азота в доступные для растения формы.
Молибден поглощается растениями из почвенного раствора в анионной форме.
Молибден хорошо взаимодействует с фосфором. Сера, оказывая подкисляющее действие в почве, снижает доступность Mo.
В отличие от других микроэлементов молибден в кислых почвах прочно связывается с железом, поэтому его доступность очень низкая. По мере повышения pH молибден становится растворимым, и его усвояемость растениями заметно возрастает.
Поступление свежего органического вещества положительно поддерживает обеспеченность Mo. Однако торф (peat), формирующийся в кислой среде, такого эффекта обычно не даёт. При рассмотрении графиков форм Mo при разных значениях pH видно, что доля формы MoO₄²⁻ заметно увеличивается с ростом pH — именно эта форма в основном и поглощается растениями.
Дефицит молибдена у бобовых культур чаще всего связан с проявлениями азотного голодания, поскольку Mo необходим для активности нитрогеназы и фиксации N₂. При недостатке могут наблюдаться признаки дефицита азота.
У крестоцветных (crucifer) на листьях формируются сероватые хлоротичные пятна между жилками, ткань листа становится мягкой. При сильном дефиците листья могут полностью деформироваться.
Избыток молибдена может вызывать блокировку меди, что приводит к дефицитам, особенно у злаков и кормовых культур. К избытку молибдена чувствительны ацидофильные растения (например, каучуконос).
Анализы почвы на молибден обычно не выполняются рутинно. Почвы бедные Mo и богатые железом склонны к дефициту Mo.
При низком pH высокое содержание органического вещества может снижать риск дефицита. Регулярное внесение органики способно обеспечивать растворимый Mo. Однако добавление торфа приводит к удержанию Mo гуминовыми кислотами — тем самым его доступность уменьшается.
Высокие температуры выше 25°C повышают растворимость Mo; засушливые условия, напротив, снижают его доступность.
Самый определяющий фактор для поглощения Mo — это pH. Чем выше pH, тем более подвижным становится молибден.
Фосфор облегчает поглощение и транспорт молибдена. Однако избыток железа ограничивает поглощение Mo. Избыток меди или внесение Cu также снижает абсорбцию Mo. Аналогично, чрезмерное количество марганца оказывает отрицательное влияние.
Количество Mo в почве сильно варьирует в зависимости от состава материнской породы, содержания железа и уровня кислотности. В целом в щелочных почвах, в почвах с высоким содержанием органики и в молодых почвах вулканического происхождения Mo более доступен.
В почвах, богатых железом, уровень доступного Mo обычно ниже.